• Museum der Arbeit
  Das Museum, dem das Speicherstadtmuseum als selbstständige Außenstelle angegliedert ist (Förderverein: Freunde des Museums der Arbeit e.V.).
• Deutsches Hafenmuseum
  Eine weitere Außenstelle des Museums der Arbeit (Förderverein: Hafenkultur e.V.).
• Museum für Hamburgische Geschichte
  Das Museum für Hamburgische Geschichte (Förderverein: Freunde des Museums für Hamburgische Geschichte e.V.).
• Altonaer Museum
  Ein Regionalmuseum zur Kunst- und Kulturgeschichte des norddeutschen Raumes (Förderverein: Freunde des Altonaer Museums e.V.).
• Deutsches Zollmuseum
  Die Speicherstadt war Teil des Freihafens, in dem importierte Waren unverzollt gelagert werden konnten, und so musste jeder den Zoll passieren, der hinein oder hinaus wollte.
• Spicy’s Gewürzmuseum
  Als drittgrößter Gewürzumschlagplatz der Welt braucht Hamburg natürlich ein Museum der Gewürze.
• Miniatur Wunderland
  Die größte Modelleisenbahnanlage der Welt, gleich um die Ecke vom Speicherstadtmuseum.
• Kaffeemuseum Burg
  Hier dreht sich alles um Kaffeebohnen und ihre Zubereitung.
• Chocoversum
  Das Schokoladenmuseum in dem der Speicherstadt benachbarten Kontorhausviertel.
• BallinStadt
  Das Auswanderermuseum am Platz der einst von Albert Ballin erbauten Auswandererhallen auf der Veddel.
• Cap San Diego
  Der „weiße Schwan des Südatlantik“ liegt jetzt als Museumsschiff an den Landungsbrücken.
• Rickmer Rickmers
  Auch der 1896 vom Stapel gelaufene Großsegler wurde zum Museumsschiff.
• Maritime Circle Line
  Hamburgs Museumslinie mit ihren roten Barkassen verbindet die am Hafen gelegenen Museen.